La Bălți existau mai multe sinagogi, béit-midráș și case de rugăciuni, inclusiv cele construite de primii evrei ajunși în oraș la sfârșitul secolului al XVIII-lea.
Mișcarea religioasă dominantă în comunitatea evreiască din Bălți în secolul al XIX-lea a fost Hasidísmul. În oraș existau mai multe curți hasídice. Adepții Rabinului din Sadagura au înființat la Bălți un béit-midráș.
Majoritatea rabinilor orașului proveneau din ieșive mari din Lituania. Printre personalitățile religioase celebre din Bălți se numără și judecătorul curții rabinice (daian), rabinul Isróel Yóffe. Aici au locuit cántori cu renume mondial, ai căror ucenici au emigrat în Statele Unite pentru a deveni cántori și cântăreți de operă celebri.
În iunie 1940, în urma pactului Ribbentrop-Molotov, URSS anexează Basarabia, iar autoritățile sovietice desființează comunitatea evreiască și închid sinagogile, casele de rugăciune, la fel ca bisericile ortodoxe și catolică.
În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, atât comunitatea, cât și orașul însuși au avut mult de suferit. Cu toate acestea, după război, mulți dintre supraviețuitori s-au întors în oraș, încercând să reînvie viața evreiască. Însă, în 1959, unica sinagogă din oraș a fost închisă, iar în 1962, evreilor care continuau să se roage într-o casă particulară li s-a interzis oficierea serviciului.
Actuala clădire a sinagogii de pe strada Matei Basarab a fost cumpărată în 1980 de evreii din Bălți prin chetă.
Iată cum își amintește despre familia sa Mihail Kotlear, născut în 1934 în Bălți: „Părinții mei erau religioși. Ei respectau toate tradițiile evreiești și cúșerul. Părinții s-au căsătorit în 1927. Au avut la Bălți o nuntă tradițională evreiască cu húpa și klézmeri. Sora mea Ríva s-a născut în 1929, apoi în 1932 fratele meu Háim. A fost numit după bunicul meu patern. M-am născut în 1934. În 1936, tatăl mamei mele, Șóil, a murit, așa că următorul fiu, născut în 1938, a fost numit Șóil, în onoarea bunicului nostru decedat. Toți băieții, conform tradiției evreiești, au fost circumcizați. Tatăl meu lucra de dimineața până seara, iar vinerea mergea la sinagogă. El avea grijă de familie, astfel încât puteam avea o masă decentă de Șabát și alte sărbători evreiești. Tatăl meu a fost destul de strict cu noi, iar mama nu a ridicat niciodată vocea și nici nu ne-a certat, noi înșine am încercat să nu o supărăm. Acasă vorbeam ídiș. Fratele meu mai mare a mers la héder la 6 ani, iar la 9 a devenit ucenic cizmar. Sora mea a studiat ídiș și ebraica acasă cu un învățător particular. Iar eu și Șoil nu am mai învățat la héder, pentru că în 1940 Moldova a intrat în componența URSS și autoritățile sovietice au închis toate instituțiile religioase. Dar chiar și după război, când în Uniunea Sovietică religia a fost persecutată, părinții au încercat să respecte tradițiile evreiești.
Pe această fotografie, de la dreapta la stânga: sora mea mai mare Riva, fratele meu mai mare Hàim și prietenul lui, vecinul noastră Petea, ucrainean, în 1937, stătea nu departe de casa noastră din Bălți. Toate bunurile și documentele noastre au fost distruse în prima zi de război, când o bombă a lovit casa, iar această fotografie mi-a fost dăruită de vecina mea, mama lui Petea, când ne-am întors la Bălți după război.”
